Interní základní kmen trvá celkem 30 měsíců. Prvních 6 měsíců tvoří společný klinický základ: 2 měsíce na anesteziologii a intenzivní medicíně, 2 měsíce na chirurgii a 2 měsíce na interním oddělení s neselektovaným příjmem. Následujících 24 měsíců je zaměřeno na interní oborovou praxi, která zahrnuje 8 měsíců na interním lůžkovém oddělení s neselektovaným příjmem, 5 měsíců v příjmové ambulanci, 4 měsíce na jednotce intenzivní péče a 6 měsíců odborné praxe dle výběru školitele v interních či příbuzných oborech. Lékaři zařazení do oboru všeobecného praktického lékařství mají program upraven (např. 6 měsíců praxe v praktickém lékařství, 1 měsíc gynekologie a 1 měsíc pediatrie).