Celková délka ortopedického základního kmene činí 30 měsíců. Jeho struktura kombinuje úvodní klinické stáže s rozsáhlou praxí zaměřenou na muskuloskeletální aparát:

• Všeobecný klinický základ (prvních 6 měsíců): Lékař absolvuje povinné stáže v rozsahu 2 měsíce na anesteziologii a intenzivní medicíně, 2 měsíce na všeobecné chirurgii a 2 měsíce na vnitřním lékařství.

• Ortopedie a traumatologie pohybového ústrojí (hlavní část): Této oborové praxi se školenec věnuje po dobu 16 měsíců na akreditovaném lůžkovém oddělení. Pokud je lékař zařazen do specializačního oboru rehabilitační a fyzikální medicína, může maximálně 6 měsíců z této šestnáctiměsíční stáže absolvovat v akreditovaném rehabilitačním zařízení.

• Traumatologická specializovaná praxe: Zbývajících 8 měsíců lékař vykonává u poskytovatele zdravotních služeb, který se kontinuálně (alespoň 3 dny v týdnu) zaměřuje na diagnostiku a léčbu poranění pohybového ústrojí s výjimkou dutiny lební, hrudní a břišní.