Celková délka patologického základního kmene činí 30 měsíců. Harmonogram vzdělávacího programu kombinuje úvodní klinické stáže s intenzivním laboratorním a pitevním výcvikem:

• Všeobecný klinický základ (prvních 6 měsíců): Lékař absolvuje povinné stáže v rozsahu 2 měsíce na anesteziologii a intenzivní medicíně, 2 měsíce na všeobecné chirurgii a 2 měsíce na vnitřním lékařství.

• Patologie (hlavní část): Odborné oborové praxi se školenec věnuje po dobu 24 měsíců na akreditovaném pracovišti patologie.

• Specifická pravidla pro soudní lékařství: Je-li školenec zařazen v základním oboru soudní lékařství, musí povinně 6 měsíců z této čtyřiadvacetiměsíční praxe absolvovat v akreditovaném zařízení pro obor soudní lékařství. Pokud je lékař zařazen v základním oboru patologie, může v akreditovaném zařízení pro soudní lékařství strávit až 6 měsíců dobrovolně.